Description du livre
Les interactions de l'ADN avec la force sont au cœur de nombreux domaines de recherche, notamment la conception de novo de nanostructures d'ADN, l'utilisation de l'ADN pour sonder les principes de l'auto-assemblage biologique, et le fonctionnement des nanomachines cellulaires. Ce travail présente un survol de trois façons distinctes dont les simulations à grain grossier peuvent aider à caractériser ces interactions. Une technique de reconstruction du paysage énergétique hors équilibre est validée pour utilisation avec le modèle oxDNA et un cadre pratique est établi pour guider les applications futures. Une nouvelle méthode de calcul des forces entropiques dans les molécules d'ADN est décrite et mise en contraste avec les approches existantes qui présentent des défauts. Enfin, une étude de simulation expérimentale conjointe de grandes nanostructures d'ADN origami en force permet de mettre en lumière les principes de conception et, grâce à des illustrations vivantes, leur processus de déploiement. Ce texte constitue un point de départ accessible et passionnant pour tout étudiant intéressé par l'étude computationnelle de la mécanique de l'ADN et des interactions des forces.