Rudolf Jaun a étudié l’histoire, le droit constitutionnel et la sociologie à l’Université de Zurich. Après une thèse sur le management industrielle en Suisse, il est maître-assistant de 1985 à 1990. Il dirige également, entre 1985 et 1996, divers projets du Fonds National suisse de la recherche scientifique. De 1998 à 2005, il est chef du service des archives de l’Armée Suisse, puis, entre 2005 et 2013, chargé de cours à plein-temps à l’Académie militaire de EPFZ ainsi que professeur titulaire d’histoire moderne et d’histoire militaire au département d’histoire de l’Université de Zurich (UZH).